手賀沼には、家庭や工場等から出される汚れ、道路や農地などから出される汚れなどが入りこんでしまいます。
また排水中の窒素やりんが増えると、それを栄養にして植物プランクトンが増え、沼の汚れの原因の一つとなります。
下水道が整備されたことなどによって、以前より沼に流入する汚れ（COD）は減りましたが、現在も一日あたり約2,800 kgの汚れが手賀沼に流れ込んでいます。
発生源別汚濁負荷量について（令和2年度）
- COD
| 生活系 | 産業系 | 面源系 | 総負荷量 | |
| 合計（kg/日） | 564 | 210 | 2,007 | 2,782 |
| 割合 | 20.3 % | 7.6 % | 72.2 % |
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- 全窒素
| 生活系 | 産業系 | 面源系 | 総負荷量 | |
| 合計（kg/日） | 416 | 100 | 624 | 1,140 |
| 割合 | 36.5 % | 8.8 % | 54.7 % |
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- 全りん
| 生活系 | 産業系 | 面源系 | 総負荷量 | |
| 合計（kg/日） | 54.5 | 18.6 | 40.1 | 113.3 |
| 割合 | 48.1 % | 16.5 % | 35.4 % |
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用語説明
生活系とは・・・
- 各家庭から排出される汚れのことです。
- 下水道整備地域では下水道に接続し、下水道未整備地域では窒素やりんが除去できる高度処理型合併処理浄化槽を設置しましょう。
産業系とは・・・
- 工場や家畜から排出される汚れのことです。
面源系とは・・・
- 雨が降ることにより、道路や農地などから排出される汚れのことです。
- 積極的に路面・側溝の清掃を行いましょう。
- 肥料は適切な量を使い、環境への負荷を減らす「環境にやさしい農業」に取り組みましょう。
